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目的:通过蛋白质组学与生物信息学方法探讨泛素蛋白连接酶E3A(UBE3A)在乳腺癌细胞中的生物学功能.方法:将三阴性乳腺癌细胞MDA-MB-231分别转染shRNA-UBE3A片段(UBE3A敲低组)与阴性对照shRNA片段(对照组)后,采用双向电泳(2-DE)法及基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱(MALDI-TOF-TOF-MS/MS)对两组细胞的差异蛋白质分离和鉴定;采用DAVID Functional Annotation及String在线工具对差异表达蛋白质进行生物信息学分析.结果:2-DE及MALDI-TOF-TOF-MS/MS分离和鉴定出28个差异蛋白,其中UBE3A敲低组相对于对照组有4个表达上调,24个表达下调.与DAVID数据库有23个相匹配,其中能够进行生物学途径、细胞成分、分子功能注释分类的蛋白质分别为23个(100％)、20个(87.7％)和23个(100％),而在泛素-蛋白酶体系统及糖代谢方面分类比较明确;String分析显示这些差异蛋白中有23个存在直接或间接的联系.结论:UBE3A可能通过泛素-蛋白酶体系统功能与糖代谢途径参与乳腺癌细胞生物学行为的调控.