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目的了解南京流感样病例9种呼吸道病毒流行特征。方法 2010-2012年采集两个流感哨点医院流感样病例(ILI)咽拭子标本1 367份,荧光定量PCR检测流感病毒(甲型、乙型、丙型)、副流感病毒(Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ和Ⅳ型)、鼻病毒与人博卡病毒等9种常见呼吸道病毒。结果 1 367份ILI咽拭子标本中,检测出374份阳性,检出率为27.36%。以乙型流感病毒检出率最高(8.49%),其次是甲型流感病毒(7.53%),Ⅳ型副流感检出率最低(0.22%)。不同季节中,以夏季病毒检出率最高(31.50%),秋季最低(22.10%)。检出混合感染19例,以鼻病毒与其他病毒混合感染最多,共15例,占所有混合感染的78.95%。结论南京市2010-2012年流行呼吸道病毒以甲、乙型流感病毒、鼻病毒为主,间或有丙型流感流行,偶有个别4型副流感病毒与人博卡病毒感染病例出现。