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ATP结合盒蛋白也参与疟原虫,利什曼原虫,痢疾阿米巴等寄生原虫的耐药性。由于ABC转运器也局限于细胞内小细胞器中,因此认为耐药性的机理,除了有向细胞外排泄的模式外,也有对细胞内小细胞的隔离模式。为了应付各种各样的原虫虫种与虫株,必需考虑药物选择性与生理功能的多样性来制定克服耐药性的策略。