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目前，根据国务院对农业部的“三定”规定，农业部主要在农业产业发展、农村经济体制改革、农业投入品监管、农产品质量安全监管、农业资源保护、农业科研和技术推广等方面履行着政府职能。然而，由于行政管理体制改革不够彻底，政府职能转变不够到位等诸多原因，农业公共管理还存在着以下突出问题：一是责任与手段不匹配。二是分段管理难协调。三是职能交叉较严重。四是部分职能有缺失。