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测定了采自香港2株球形棕囊藻和湛江1株等鞭金藻质体16SrDNA基因序列,结合GenBank中下载的32条同源序列,分析序列特征并构建分子系统树。发现600bp序列中有可变位点42个,简约信息位点33个,可变位点和简约信息位点分别为全序列的7.0%和5.5%。A+T的含量(52.5%)略大于C+G含量(47.5%),与已报道的棕囊藻属叶绿体和线粒体基因相似;在分子系统树上,同属藻种聚类在一起,属间遗传距离分别为0.0255-0.0503。棕囊藻属属内遗传距离0-0.0050,不同藻种相混杂,并未独立成支;