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区域自主创新体系的构建是区域经济发展和竞争力提升的基础.在自主创新体系构建的理论框架下,对其涵盖的指标因素进行了设定,并以山东省17个地市对应的自主创新构建为例,采用交叉效率（cross-efficiency）DEA模型从投入-产出的视角进行了自主创新体系综合评价,并依据评价结果,结合山东省自主创新科技建设的实际,从山东省整体和地级市两个维度分别提出了区域自主创新体系建设的相应对策与建议.