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科研评价导向作为科技体制改革中的关键环节,具有举足轻重的作用。本文以日本高等教育评价机构为案例,重点分析了日本科技评价体系中与大学认证评价有关的高校科研经费审计情况。以期通过借鉴日本第三方评估机构中高校内部审计的相关做法和经验,为我国加快构建第三方评价制度建设,正确合理地开展高校科研经费审计工作提供些许启示。