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随着世界经济一体化进程的加快和国际竞争的加剧,各国纷纷把加强创新体系建设提高到国家战略高度。新形势下我国也积极实施创新驱动发展战略并作为国家发展全局的核心,经济特区的创新发展对区域创新及国家创新发展有先行示范作用。中哈霍尔果斯国际边境合作中心是国家重点发展的创新示范区,是创新驱动发展的典范。本文首次全面对中哈霍尔果斯国际边境合作中心的创新体系进行研究,为国内其它经济特区建设以及区域创新能力评价提供了借鉴和参考。论文在对国内外理论综述的基础上,对指标进行归纳与梳理,建立了指标体系,对中哈霍尔果斯国际边境合作中心的创新能力进行了科学评价。在建立指标体系过程中采用文献研究法初选了112个指标,采用专家打分法筛选出24个指标,采用层次分析法确定各级指标权重;在评价过程中选取了 2013-2015年合作中心创新体系发展指标数据进行验证,从而全面科学的评价中哈霍尔果斯国际边境合作中心的创新能力。采用访谈法与问卷调查法,深入调查分析了中哈霍尔果斯国际边境合作中心创新体系建设中存在的问题。在借鉴发达地区创新发展的成功经验的基础上,重点从创新人才的引进和激励机制、创新创业平台和中介服务机构、创新政策、管理体制创新等方面提出了对策建议,为中哈霍尔果斯国际边境合作中心的创新发展提供参考依据。