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【目的】评价核酸扩增技术（NAT）在广州市献血员血液筛查的应用价值。【方法】收集22139名无偿献血员血样，采用酶联免疫吸附试验（ELISA）检测乙型肝炎病毒（HBV）、丙型肝炎病毒（HCV）、梅毒螺旋体（TP）和人免疫缺陷病毒（HIV），并检测谷丙转氨酶（ALT）水平。对四项ELISA检测阴性和ALT≤40U／L者血样，用COBASs201系统进行HBVDNA、HCVRNA、HIVRNA检测。NAT反应性样本、HBV、HCV和HIVELISA检测阳性血样以COBASAmpliScreen试剂盒鉴定。【结果】22139名献血员中，21776例双试剂血清免疫学检测阴性，其中19例为NAT反应阳性，检出率0．087％（19／21776），后经NAT鉴定检测，HBV、HCV和HIV反应阳性检出率分别为0．051％（11／21776）、0．028％（6／21776）和0．009％（2／21776）。126例HBsAg阳性样本中，25例NAT阴性，其中15例HBsAg中和试验阳性，为低水平慢性感染携带者。50例anti‐HCV阳性血样，4例为NAT阴性，补充ELISA检测为anti‐HCV阴性。16例anti‐HIV阳性样本中，7例为NAT阴性，其单样品核酸检测（ID‐NAT）和补充ELISA检测均为anti‐HIV阴性。【结论】NAT血液筛查对HBV、HCV和HIV经ELISA检测阴性样本的检出率较高，在该地开展NAT血液筛查，对于降低输血残余危险有重大意义。少量HBsAg阳性的低水平感染慢性携带者，汇集核酸检测（MP‐NAT）阴性，HBsAg筛查依然是必不可少的筛查手段。