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跨部门专项资金是指在管理主体和使用对象上涉及多个部门或单位、虽使用用途多元但最终使用目的一致的同一个专项资金。跨部门专项资金在充分利用政府部门（单位）、促进经济发展、提高人民生活水平方面发挥了重要的作用。但从实际情况来看，存在着主体职责不明确、设立程序欠严谨等问题，极大影响了跨部门专项资金绩效的显现。本文在描述跨部门专项资金整合背景和现状的基础上，进一步分析了当前开展跨部门专项资金整合面临的主要挑战。并对跨部门专项资金优化整合的具体举措提出方向建议。