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目前，超过95％的海洋微生物不能够人工培养，这造成了资源获取上的瓶颈问题，进而限制了大量新海洋药物的开发和研究。宏基因组学是一种不依赖于人工培养，直接从海洋环境中提取DNA建立宏基因组文库的方法；如此建立的文库理论上可以覆盖环境中所有微生物的遗传信息，因此，宏基因组学的出现使获得大量生物资源成为可能。功能基因或者某一合成通路的基因簇可以用特定方法分析鉴定，进而异源表达获得异源活性物质。宏基因组学方法主要包括大片段DNA的分离、宏基因组文库的构建、基因筛选、基因簇的表达及阳性克隆的检测。本文综述了宏基因组学