应用化学位移预测蛋白质二级结构

• 作 者: 李喆媛 冯永娥
• 机 构: 内蒙古农业大学理学院
• 出 处: 内蒙古农业大学学报：自然科学版
• 发表日期: 2015年2期
• 关键词: 蛋白质二级结构 化学位移 二次判别法 误差允许范围 Protein secondary structure chemical shifts quadrati
• 基金项目: 国家自然科学基金(No.31360206),内蒙古农业大学草原英才项目,内蒙古农业大学博士科研启动基金(BJ08-30),内蒙古农业大学基础科研项目基金(JC2013004)

蛋白质二级结构预测是生物信息学中最重要的课题之一。本文从氨基酸序列的原子信息出发,以6种原子化学位移的均值作为新的特征参量,应用二次判别法对蛋白质二级结构进行预测,取得了较好的结果。3折交叉检验得到预测总精度为77.46%,其中alpha螺旋、beta折叠的预测准确率分别达到92.36%和81.39%。在同样的数据库中,与其它预测软件相比较,显示了我们算法的优越性。