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本研究利用SSR标记对来自四川和山东两省的60个小麦叶锈菌株进行DNA多态性分析，同时利用小麦抗叶锈近等（单）基因系和已知所含抗叶锈基因的品系对这些菌株进行毒性分析。结果表明，菌株问相似系数较高且差异不大，为0．78～1．00，表明小麦叶锈菌所含毒性基因差异不大，菌株间亲缘关系较近。两省间／内小麦叶锈菌株的DNA多态性和毒性多态性丰富。小麦叶锈菌株的地理来源与毒性多态性有一定的相关性，而其地理来源、毒性多态性与DNA多态性不存在相关性。相同致病类型存在毒性差异，同一致病类型内遗传多态性丰富。