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从生态系统活力、组织结构、恢复力三个方面构建农业生态系统健康评价指标体系,通过层次分析法（AHP）确定指标权重,采用综合指数法计算卤阳湖地区农业生态系统健康指数并结合评价标准进行分析。结果表明：2012年卤阳湖盐碱治理区农业生态系统健康综合评价值为5.772,介于Ⅱ级和Ⅲ级之间,偏亚健康状态,生态系统活力、组织结构和恢复力都存在不同程度的问题。经过分析发现制约卤阳湖盐碱治理区农业发展的因素主要有人口密集且整体素质较低、土地资源紧张、水土流失严重、自然资源过度开发、农业产业单一、生产方式落后等。