鸭瘟病毒感染鸭十二指肠黏膜炎症相关基因及调控通路的筛选

• 作 者: 田琴 张明华 周碧君 程振涛 王开功 文明
• 机 构: 贵州大学动物科学学院,贵州省动物疫病研究室,贵州大学动物疫病研究所
• 出 处: 中国畜牧兽医
• 发表日期: 2020年10期
• 关键词: 鸭瘟病毒(DPV) RNA-SEQ 十二指肠 差异表达 炎症相关基因 调控通路 duck plague virus(DPV)RNA-seqduodenumdif
• 基金项目: 国家自然科学基金项目(31560703),贵州省百层次创新型人才项目(黔科合人才[2016]4009号),贵州省科技平台及人才团队计划项目(黔科合平台人才[2018]5253号),贵州省生态家禽产业技术体系功能实验室(黔农体系[2017]03号),三穗鸭工程技术研究中心建设项目(黔科合平台人才[2019]5203号),贵州省研究生教育创新计划项目(GZZ2017002)

试验旨在分析鸭瘟病毒(duck plague virus,DPV)感染樱桃谷鸭后十二指肠黏膜转录组水平的变化,筛选出DPV感染后参与炎症的相关基因和调控通路。DEV-GZ株经腿部肌肉接种35日龄鸭后,于接种后24、48和72 h采集鸭十二指肠黏膜组织样本,提取总RNA进行转录组测序,对数据进行质控与注释,筛选与炎症相关的差异表达基因及调控通路,并应用实时荧光定量PCR对部分差异表达基因进行验证。结果显示,对照组与试验组总计得到21.39 Gb的Clean Bases,测序样本有效序列占原始序列的99%以上