癌症诊断芯片的癌-睾丸基因的寡核苷酸探针的设计

• 作 者: 刘丽 丁洪 刘丹 陆群 Sophie Rousseaux 吴
• 机 构: 西南交通大学,生物工程学院,成都,610031“,”四川大学华西药学院“,”French National Institude for Health and Medical Research (INS
• 出 处: 四川大学学报（医学版）
• 发表日期: 2009年2期
• 关键词: 癌-睾丸基因 寡核苷酸探针 探针设计 微阵列
• 基金项目: 法中科学及应用基金

目的 设计用于专门进行肿瘤内睾丸特定基因--癌-睾丸(cancer-testis, CT)基因转录分析的微阵列的探针系列,以阐明CT基因在肿瘤发生过程中的作用并检测它们在肿瘤细胞或肿瘤样本中的表达.方法 通过二个探针设计工具,IDT和MEDIANTE的结合使用,设计出CT基因的寡核苷酸探针.同时,应用"Oligonucleotide Properties Calculator寡核苷酸性质计算软件"和"OligoAnalyzer 3.0"检测探针的解链温度(Tm)、GC含量和可能形成的次级结构等特性.结果 为CT基因家族的44个成员成功设计了113个50 mers 左右的寡核苷酸探针.其Tm值分布在63.2 ℃～67.5 ℃之间, GC百分含量为35.3%～51.5%. 结论 结合IDT和MEDIANTE两个探针设计软件,能有效的进行CT基因寡核苷酸探针的设计.