高通量基因测序相位问题的校正研究

• 作 者: 叶丙刚 汪德鹏 李京湘 周妍 吴效明
• 机 构: 华南理工大学生物科学与工程学院,深圳华大基因研究院
• 出 处: 计算机应用
• 发表日期: 2010年04期
• 关键词: 高通量 测序 相位校正 MARKOV过程 high-throughput sequencing phase emendation Markov process

边合成边测序的高通量基因测序技术存在一个相位问题,即碱基合成的先后顺序会出现"超前"和"延迟"。针对此问题,结合Markov过程的方法提出一种回归分析,在建立有关相位"超前"与"延迟"问题的荧光强度数据基础上,构造出相位校正矩阵,解决高通量基因测序中的相位问题。实验结果表明,采用提出的相位校正方法,达到对碱基合成时出现的相位"超前"和"延迟"问题的校正。