【摘 要】
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目的 分析乙型肝炎病毒(HBV)B、C基因型密码子使用偏好性及其影响因素,探讨HBV密码子使用模式与宿主、病毒进化的关系. 方法 从GenBank数据库中收集47株HBV的全基因组序列,利
【机 构】
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重庆医科大学第二临床医学院,重庆400016;感染性疾病分子生物学教育部重点实验室;感染性疾病分子生物学教育部重点实验室;重庆医科大学基础医学院病原生物学教研室
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目的 分析乙型肝炎病毒(HBV)B、C基因型密码子使用偏好性及其影响因素,探讨HBV密码子使用模式与宿主、病毒进化的关系. 方法 从GenBank数据库中收集47株HBV的全基因组序列,利用EMBOSS、SPSS24.0、MEGAX等软件对其密码子偏好性进行统计分析. 结果 HBV各蛋白编码序列的ENC值为56.37-58.74,CAI值为0.678-0.697,GC3含量为0.474-0.506.RSCU＞1的密码子共27个,主要以U/C结尾.高频使用密码子为UCU、CCU和AGC,低频使用密码子为CUA、CCG、CGA、ACG和UCG.ENC绘图显示47株病毒均位于预期曲线之下.中性绘图分析表明GC12与GC3无显著相关性(R2=0.005,P＜0.01).PR2绘图显示第三位碱基T和C含量较高.对应分析显示这些病毒的密码子偏好性受碱基组成影响的可能性较小.利用CAI值和卡方检验的方法确定GAC和GAA为上述毒株的最优密码子.密码子使用频率比值表明B、C基因型与人类的密码子偏好性相近,而聚合酶(P)、表面(S)基因与人类的密码子偏好性存在一定的差异,以P基因差异更大.系统发生分析显示,HBV毒株分类的进化越相近,其密码子偏好性越相似. 结论 B、C基因型HBV偏爱使用U/C结尾的密码子,其密码子偏好性主要受到自然选择的影响.结合密码子偏好性与密码子优化可能有助于理解HBV进化过程和对最适宿主的选择机制.
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