利用转录组信息揭示刺芹侧耳单核和双核菌丝中小RNA的表达差异

• 作 者: 尚俊军 汪滢 龚明 杨瑞恒 唐利华 万佳宁 李焱 茅文俊 本
• 机 构: 上海市农业科学院食用菌研究所,日本京都大学农业研究生院环境科学与技术系森林生物化学实验室
• 出 处: 食用菌学报
• 发表日期: 2020年2期
• 关键词: 刺芹侧耳 转录组测序 小RNA Pleurotus eryngiitranscriptome sequencingsmall RNA
• 基金项目: 上海市科技兴农重点攻关项目[沪农科攻字(2015)第6-2-1号],上海食用菌工程技术研究中心(19DZ2281200),海市农业科学院2020年度农业科技创新支撑领域研究专项

利用Illumina HiSeq 2500高通量测序平台,对刺芹侧耳(Pleurotus eryngii)双核菌株‘杏韩’及其原生质体单核化菌株‘181’和‘183’菌丝的小RNA文库进行测序分析。将测序获得的高质量reads与Rfam数据库和刺芹侧耳基因组测序数据进行比对,发现来源于rRNA、tRNA、snRNA和snoRNA等非编码RNA的reads占47.4%,来源于mRNA降解的reads占15.5%。将剩余的37.1%reads与miRBase数据库比对,发现946条小RNA匹配数据库中其他物种