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内部控制是单位为了提高经营管理效率，保证信息质量，真实可靠，保护资产安全完整，促进法律法规有效遵循和发展战略得以实现等而由单位的管理层及其员工共同实施的一个权责明确，制衡有力，动态改进的管理过程，但是，目前各级医院的管理层对内部会计控制的重要性缺乏足够认识，机构设置不健全，职责分工不明确，缺乏应有的医院内部治理结构，内部控制比较薄弱，未能充分发挥其真正的作用，医院应该如何加强内部控制，不断提高医院的经济效益和社会效益，防范风险，推动本单位逐步走上良好的运行轨道，主要有以下措施：
(一)，建立相对独立的内部审计机构，充分发挥其监督作用
医院内部审计机构独立性的缺失，是造成内部控制制度执行不力的主要原因，因此，医院内部应建立一个相对独立的内部审计机构，有效地行使其监督权，强化内控。各级医院应制定出一整套内部控制监督制度，将内部审计工作的重点，在时间上从事后审计转向事中、事前审计，将从查处违规违纪审计转向内控制度审计和绩效审计，理顺资金运行管理机制，对本单位的财务收支及其经济活动的合法性，合规性和有效性进行审核，提出意见和建议，发挥内部审计的监督作用，使内部控制和内部监督达到有章可循，有据可查的要求，充分发挥内部监督在日常工作全过程的控制作用。
(二)加强组织结构控制，不相容岗位相互分离
单位的组织结构设计，尽管没有统一模式，但采取的组织结构应当有利于提升管理效能，并保证信息通畅流动，各级医院应该根据自身的经营思想和模式等，来建立符合医院业务流程特点的组织结构，在设置组织结构时应当从相互牵制的角度考虑其内部架构和各个机构及其相互间的关系。在此基础上将各部门经济业务按其业务流程特点再划分为若干个具体的工作岗位，使不相容岗职务能够相互分离，解决好内部监督和约束的实质问题。科学划分医院内部各部门的职责权限，形成相互制衡机制，不相容职务主要包括授权审批，业务主办，会计分录，财产保管，稽核检查等，确保资产保全和会计核算相分离，经营责任和会计责任相分离，授权与执行，保管，审查，记录相分离。
(三)加强预算控制，风险控制，科学规范医院预算的编制，防范财务风险和经营风险
要以营业收入、成本费用、现金流量为重点，推行全面预算管理。要科学规范医院预算编制、审定、下达、执行程序，对预算结果进行分析，对预算差异进行控制。建立有效的风险管理系统，通过对风险的预警、识别、评估、分析、报告等措施，对财务风险和经营风险进行全面防范和控制。
(四)加强会计人员控制。建立一支高素质的会计队伍是有效执行内部控制制度的重要保证
内部控制的中心是会计控制，而承担会计控制职责的主体是会计人员，会计人员的道德水准和业务水平的高低是内部控制制度执性强弱的关键，通过科学合理的聘用、培训、轮岗、考核、奖励、晋升、淘汰等办法提高财务人员整体素质。
(五)，资产保全控制。确保各种财产的安全完整
严格限制未授权人员对财产直接接触，严格控制对实物资产殛与实物有关的文件接触，如：现金、有价证券、存货等变现能力强的资产，以保护资产的安全，定期及不定期进行财产清查，保证财产物资“帐实相符”，另外通过财产保险的形式，保护实物资产的安全。
(六)业务流程控制，防止权限过于集中
根据相互牵制原则建立收入确认制度，资金授权审批制度，，物资采购和款项支付制度，日常财务开支审批制度，明确重大资产处置、资金调度和其他重要事项的决策和执行相互监督，相互制约的程序。明确各职能部门授权批准范围、权限、程序、责任等，保证医院权责分明，管理科学。
内部控制制度作为组织自我调节和自我约束的内在管理机制，处于管理系统的重要位置。如果没有健全完善的内部控制，就很难组织起现代的运行和管理，很难保证国家资产的安全与完整。
(一)，建立相对独立的内部审计机构，充分发挥其监督作用
医院内部审计机构独立性的缺失，是造成内部控制制度执行不力的主要原因，因此，医院内部应建立一个相对独立的内部审计机构，有效地行使其监督权，强化内控。各级医院应制定出一整套内部控制监督制度，将内部审计工作的重点，在时间上从事后审计转向事中、事前审计，将从查处违规违纪审计转向内控制度审计和绩效审计，理顺资金运行管理机制，对本单位的财务收支及其经济活动的合法性，合规性和有效性进行审核，提出意见和建议，发挥内部审计的监督作用，使内部控制和内部监督达到有章可循，有据可查的要求，充分发挥内部监督在日常工作全过程的控制作用。
(二)加强组织结构控制，不相容岗位相互分离
单位的组织结构设计，尽管没有统一模式，但采取的组织结构应当有利于提升管理效能，并保证信息通畅流动，各级医院应该根据自身的经营思想和模式等，来建立符合医院业务流程特点的组织结构，在设置组织结构时应当从相互牵制的角度考虑其内部架构和各个机构及其相互间的关系。在此基础上将各部门经济业务按其业务流程特点再划分为若干个具体的工作岗位，使不相容岗职务能够相互分离，解决好内部监督和约束的实质问题。科学划分医院内部各部门的职责权限，形成相互制衡机制，不相容职务主要包括授权审批，业务主办，会计分录，财产保管，稽核检查等，确保资产保全和会计核算相分离，经营责任和会计责任相分离，授权与执行，保管，审查，记录相分离。
(三)加强预算控制，风险控制，科学规范医院预算的编制，防范财务风险和经营风险
要以营业收入、成本费用、现金流量为重点，推行全面预算管理。要科学规范医院预算编制、审定、下达、执行程序，对预算结果进行分析，对预算差异进行控制。建立有效的风险管理系统，通过对风险的预警、识别、评估、分析、报告等措施，对财务风险和经营风险进行全面防范和控制。
(四)加强会计人员控制。建立一支高素质的会计队伍是有效执行内部控制制度的重要保证
内部控制的中心是会计控制，而承担会计控制职责的主体是会计人员，会计人员的道德水准和业务水平的高低是内部控制制度执性强弱的关键，通过科学合理的聘用、培训、轮岗、考核、奖励、晋升、淘汰等办法提高财务人员整体素质。
(五)，资产保全控制。确保各种财产的安全完整
严格限制未授权人员对财产直接接触，严格控制对实物资产殛与实物有关的文件接触，如：现金、有价证券、存货等变现能力强的资产，以保护资产的安全，定期及不定期进行财产清查，保证财产物资“帐实相符”，另外通过财产保险的形式，保护实物资产的安全。
(六)业务流程控制，防止权限过于集中
根据相互牵制原则建立收入确认制度，资金授权审批制度，，物资采购和款项支付制度，日常财务开支审批制度，明确重大资产处置、资金调度和其他重要事项的决策和执行相互监督，相互制约的程序。明确各职能部门授权批准范围、权限、程序、责任等，保证医院权责分明，管理科学。
内部控制制度作为组织自我调节和自我约束的内在管理机制，处于管理系统的重要位置。如果没有健全完善的内部控制，就很难组织起现代的运行和管理，很难保证国家资产的安全与完整。