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以行政首长负责制为基础的行政首长出庭应诉制度有助于解决行政诉讼的现实困境，同时，对实质性化解行政纠纷也起到了一定的作用，但面临着合法性、合理性和有效性的多重。由最高人民法院及时出台司法解释，根同案件设置具体的要求；建立行政与法院的案件联动机制、行政机关首长出庭应诉的监督考核机制、主审法官评价制度、行政首长出庭应诉率与庭审表现社会公开机制以及责任追究制度，完善行政机关出庭应诉制度。