【摘 要】
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测定并分析了霍乱弧菌噬菌体VP2基因组序列,为VP2生物学特性和功能研究提供分子遗传学基础.为此构建了VP2DNA随机文库,鸟枪法(shot-gun)测定其全基因组序列.测序结果用软件Ph
【机 构】
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中国疾病预防控制中心传染病预防控制所,卫生部医学分子细菌学重点实验室,北京,102206国家人类基因组南方研究中心,上海,201203;中德联合研究院,南昌,330047;
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测定并分析了霍乱弧菌噬菌体VP2基因组序列,为VP2生物学特性和功能研究提供分子遗传学基础.为此构建了VP2DNA随机文库,鸟枪法(shot-gun)测定其全基因组序列.测序结果用软件Phrad-Prap拼接成最小重叠群(contig),引物步移法测定contigs间的缝隙(gap)序列,拼接后获得VP2全基因组序列.利用生物信息学技术分析VP2基因组,最后对VP2和相关噬菌体做DNA聚合酶(DNA pol)基因的进化树分析.结果:VP2属短尾噬菌体科,基因组全长39 853bp,为环状双链DNA,G+C含量为50.56%,较高于霍乱弧菌测序菌株N16961基因组G+C含量;VP2的基因组有碱基使用偏性;预测和注释了45个开放读码框(ORF),分析了DNA复制基因、衣壳蛋白和DNA包装基因、侵染相关基因.DNA pol进化树比较结果,VP2与链球菌噬菌体Cp-1和芽孢杆菌噬菌体GA-1分为一群.根据对VP2基因组序列的测定和分析预测了VP2的ORF,并分析了其中的功能基因,推测VP2在进化关系上属于噬菌体phi29样噬菌体.
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