小蛋白天然结构与折叠速度关系的分子动力学模拟研究

• 作 者: 赵立岭 王吉华 窦相华 苏希玉
• 机 构: 德州学院,德州学院,曲阜师范大学
• 出 处: 山东大学学报：理学版
• 发表日期: 2005年4期
• 关键词: 小蛋白天然结构集合 二态小蛋白 折叠速度 分子动力学模拟 small protein native structures ensemble small two
• 基金项目: 国家自然科学基金

用分子动力学模拟方法研究了小蛋白天然结构集合与其折叠速度的关系.根据蛋白质内存在接触的不同定义方式,利用分子动力学模拟方法得到了10个小蛋白的一系列构象集合,分析了其拓扑参数与折叠速度的关系,并与PDB单构象的情况进行了比较.用含主链重原子的方式定义接触,所计算的结果较好,天然结构集合所计算的拓扑参数与蛋白质折叠速度的关系可以更真实地反映实际情况.