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环境工程微生物是一门新兴学科，主要是有环境保护学、微生物学、环境监测学及环境工程这些相关的学科经过相互间的渗透逐渐形成的学科。目前我国在分子生物技术上的研究已经越来越多，通过研究分子生物技术的实验方法及手段，将分子生物技术应用到不同的领域中，促进不同领域向前发展，已经是很多研究人员关注的方向。将分子生物技术应用到环境工程微生物领域中，以为环境工程微生物的领域提供更多的技术支持。文章主要研究分子生物技术在环境工程微生物领域中的应用及发展方向。