【摘 要】
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随着对复杂生物体系蛋白质组质谱数据挖掘和蛋白质功能分析的深入进行,科学家迫切需要获得大量蛋白质的信息,依赖于LC-MS的蛋白组学技术为此提供了新的思路和解决办法.肽段的
【机 构】
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北京理工大学生命学院,北京,100081;北京理工大学生命学院,北京100081;中北大学化工与环境学院 太原030051
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随着对复杂生物体系蛋白质组质谱数据挖掘和蛋白质功能分析的深入进行,科学家迫切需要获得大量蛋白质的信息,依赖于LC-MS的蛋白组学技术为此提供了新的思路和解决办法.肽段的色谱保留时间已经被用于了蛋白质的鉴定和定量工作中.目前,研究人员已经建立了多种肽段色谱保留时间预测模型,通过分析肽段的理化性质,色谱条件的变化,预测肽段的色谱保留行为.SSRCalc和ELUDE是目前使用较广泛的两个预测模型.本文以标准蛋白酶切产物为研究对象,分别采用两种预测模型对肽段的保留时间进行预测,同时对这些肽段进行了LC-MS/MS分析,得到实验保留时间,通过比较分析肽段的预测保留时间和实验保留时间,评价同一色谱条件下,两个预测模型的准确性.结果表明,运用SSRCalc模型,选择孔径l00(A)的C18色谱柱,流动相含有0.1％甲酸的条件下,建立的拟合曲线判定系数为0.85,是两个预测模型中最优的.
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