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后生动物的起源与进化问题一直是动物学、古生物学和进化生物学研究的重要课题.传统上,对其系统发生和亲缘关系的探讨主要是基于比较形态学和比较胚胎学的证据.然而,随着分子遗传学和分子发育生物学的不断进展及其在相关研究领域的普遍运用,从遗传基础和发育机理上追踪动物各分类群间的系统发生关系已经成为可能.本文就近年来后生动物高级分类群(主要为"门"一级)的分子系统发生研究及其研究中存在的一些问题作了较为系统的综述.同时就后生动物系统发生研究的前景作了展望.