芸薹属物种(B.napus,B.rapa,B.oleracea) TCP基因家族全基因组鉴定和分析

来源 :分子植物育种 | 被引量 : 0次 | 上传用户:ASD121406113
下载到本地 , 更方便阅读
声明 : 本文档内容版权归属内容提供方 , 如果您对本文有版权争议 , 可与客服联系进行内容授权或下架
论文部分内容阅读
TCP蛋白是植物特有的一类转录因子,广泛参与植物叶发育、花对称性、侧枝发育等过程,具有重要的调控作用.为了揭示芸薹属TCP基因家族的功能和进化关系,本研究利用生物信息学方法对白菜、甘蓝和甘蓝型油菜的TCP转录因子家族成员、基因分类、基因结构、系统进化关系和结构域序列保守性进行分析.研究表明,白菜和甘蓝的TCP基因成员各有37条、甘蓝型油菜TCP基因成员有78条,且全部为亲水蛋白,大部分的TCP基因结构简单,不含内含子;序列分析表明,这些TCP基因均具有高度保守的TCP结构域;根据结构域差异和系统发育分析的结果,将白菜、甘蓝、甘蓝型油菜TCP基因分为两类:Class Ⅰ和Class Ⅱ,ClassⅡ可继续分为CIN和CYC/TB1两个小组;聚类分析发现,芸薹属中白菜、甘蓝、甘蓝型油菜TCP基因与拟南芥垂直同源的A tTCP11、AtTCP16、AtTCP23的TCP基因缺失,可能与芸薹属发生三倍化事件或驯化过程中的人工选择有关.以上研究将为揭示芸薹属TCP基因的功能提供重要的理论基础.“,”TCP proteins are plant-specific transcription factors,which play important regulatory roles in plant leaf development,flower symmetry,shoot branching and senescence.To study potential functions and phylogenetic relationship of TCP gene family in Brassica,this research selected the family members,gene classification and structure,phylogenetic relationship and conserved structure domains of B.napus,B.rapa,B.oleracea TCP to analyze via the bioinformatics method.We identified 37 BraTCP genes in B.rapa,37 BolTCP genes in B.oleracea and 78 BnTCP genes in B.nap us,all of which are hydrophilic proteins.Structure analysis revealed that most of the TCP genes had the features of simple structure with no introns.All TCP genes contain highly-conservative domain.According to domain structure and phylogenetic analysis,Brassica TCP family could clearly divide into two homology classes-Class Ⅰ and Class Ⅱ,besides,Class Ⅱ contains two subclasses which were the CIN and the CYC/TB 1 subclass.Clustering analysis revealed that in Brassica,homolog A tTCP11,A tTCP16,A tTCP23 of TCP genes in Arabidopsis were lost,and they may be related to the Brassica triplication or artificial selection.Our research could provide the theoretical basis for functional studies to reveal the role ofBrassica TCP gene family.
其他文献
利用紫外-可见分光光度计对广西三七药材乙醇提取液进行扫描,研究药材紫外吸收光谱特征,进而与文山三七药材紫外吸收光谱进行比较。结果表明:三七不同部位的紫外吸收光谱有差
会议
本文简述了GPS测量技术的发展状态,重点介绍了GPS在航空摄影与高程测量中的应用情况,同时与常规测量从效益和精度方面进行对比分析,最后对GPS测量作出了展望。
目的:黑骨藤的质量控制提供参考依据。方法:参照中国药典2005版一部醇浸出物测定方法中的热浸法,测定黑骨藤醇提物的含量。结果:对黑骨藤不同药用部位的醇提取物作了含量比较研
会议
目的:从甘草药材粉末中提取甘草酸及草酸钙并测定其含量,试图通过草酸钙含量和甘草酸含量的相关性,说明钙离子是如何影响甘草酸积累的。方法:超声提取甘草药材粉末中的甘草酸并
会议
“输血”虽然已经行之多年,但在今日仍然是一种相当麻烦的手术;例如为了必要的预防,“供血者”必须特别选择过,并且他必须是属於与病人同一血系的等等。 Although blood tr
为提高西洋参茎叶利用率,系统研究各皂苷成分含量,通过大孔树脂吸附法从西洋参茎叶中提取分离得到总皂苷,再利用硅胶柱层析法分离出人参二醇类皂苷、人参三醇类皂苷、齐墩果
会议
本文分析轨道交通需求预测现有的三种模式及应用状况,在此基础上指出了当前流行的“四阶段”预测方法的不足。文章分析了轨道预测结果与实际运营之间差距产生的原因,为现阶段
目的:检测维药芹菜籽中总黄酮的含量,并优选其提取工艺。方法:分别采用超声提取法和索氏提取法,用比色法比较维药芹菜籽中总黄酮的含量。 结果:以芦丁为对照品时,超声提取法测得
文冠果是中国北方特有的优良木本油料能源树种。利用生物信息学方法,将全长为1 491 bp的文冠果Xs FAE1基因与其他物种FAE1基因的核酸和氨基酸序列进行了比对分析。结果表明:(
本文以GC-MS方法对鱼腥草挥发油中化学成分进行了鉴定,从地上部分共分离鉴定出68种化合物,从地下部分中共鉴定出68种化合物,其中36种化合物为地上、地下共有,15种为新发现成