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鸡球虫病是危害养禽业的重大疫病之一，其病原属于艾美耳属（Eimeria）的球虫，世界上公认有7种。过去，其病原的鉴别一直是研究的难点。近年来，由于分子生物学技术，尤其是PCR及其相关技术的迅猛发展及在寄生虫分类中的应用，鸡球虫种、株鉴别方法也由以形态特征和生活史等为标准的传统分类学进入了以核酸为材料的现代分子分类学时代。文章对PCR及其相关技术在鸡球虫种、株鉴别方面的应用做了较为全面的阐述，并分析了其优缺点。