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运用能值理论与分析方法对福州和厦门2000—2005年间城市生态系统进行动态能值分析，剖析了两城市在资源禀赋、市场经济和科技信息水平等方面的差异与比较优势。结果表明：在能值自给率、可更新能值比和环境负荷率三项指标上厦门长期处于劣势地位；在能值投资率、能值密度、人均燃料能值和人均电力能值利用量四项指标上厦门则明显优于福州。福州和厦门在资源结构、市场条件和信息交流上具有很强的互补性，城市之间的合作具有可行性。