【摘 要】
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植物密码子偏好性的研究在解析物种机体进化发展和引入外源基因方面都有重要意义.为研究台湾金线莲(A noectochilus roxburghii)和福建金线莲似noectochilus formosanus)密码
【机 构】
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三明学院,药用植物开放利用福建省高校工程研究中心,三明,365000;四川农业大学玉米研究所,成都,611130
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植物密码子偏好性的研究在解析物种机体进化发展和引入外源基因方面都有重要意义.为研究台湾金线莲(A noectochilus roxburghii)和福建金线莲似noectochilus formosanus)密码子偏好性,本研究通过高通量测序技术分别对两种金线莲转录组进行测序,构建全长转录本序列,利用Swiss-Prot及KOG数据库对拼接后的转录本进行功能注释,并用自主编写的程序对转录本序列进行密码子识别,分析两个品种金线莲转录组序列和密码子偏好性.结果 表明,台湾金线莲和福建金线莲拼接获得Unigene为116 423和130 024条,分别有29 565和36 155条Unigene序列被注释,Unigene序列的相关系数为0.98.台湾金线莲高频密码子有GAU和UGC,福建金线莲高频密码子有:AGA、AAU、GAU、CAU、UCU、UAU;高频密码子有87.5％均以A/U碱基结尾.因此,台湾金线莲和福建金线莲虽然Unigene基因的相关系数高,但密码子偏好性存在差异,可为资源保护、品种及道地性鉴定提供基因组多样性信息.
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