利用SNP芯片信息评估新疆近交牛基因组纯合度

• 作 者: 师睿 张毅 王雅春 黄涛 卢国昌 岳涛 卢振西 黄锡霞 卫新
• 机 构: 中国农业大学动物科技学院,新疆石河子大学动物科学技术学院,新疆锦盛旺农业科技有限公司,新疆塔城地区畜牧科技研究推广中心,新疆农业大学动物科学学院,新疆呼图壁种牛场有限公司,中国农业科学院北京畜牧兽医研
• 出 处: 遗传
• 发表日期: 2020年5期
• 关键词: 新疆近交牛 群体结构 基因组近交 长纯合片段 Xinjiang inbred cattlepopulation structuregenomic inbreed
• 基金项目: 现代农业(奶牛)产业技术体系建设专项资金(编号:CARS-36),长江学者和创新团队发展计划项目(编号:IRT_15R62)资助

新疆近交牛是经45年近亲繁育形成的近交群体,但由于繁育记录缺失,其原始亲本品种未知。为了明确新疆近交牛的遗传背景,并探索利用基因组信息评价牛群近交水平的可行性,本研究利用该群体及荷斯坦牛、新疆褐牛和哈萨克牛等16个国内外牛品种的SNP芯片数据,应用主成分分析和Admixture方法对塔城地区新疆近交牛的群体结构进行分析;通过进一步计算新疆近交牛、荷斯坦牛、新疆褐牛和哈萨克牛的群体遗传学参数以及基因组近交指标评估各群体近交程度;结合新疆近交牛的体型分类和基因组近交指标信息,探讨了个体近交程度与体型表现的关系