【摘 要】
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人类基因组计划的成果推动了生物信息学研究的发展.基于疾病表型相似性策略寻找功能上存在联系的致病基因,即表型相似基因,具有重要的研究价值和广阔的应用前景,是新兴的研究
【机 构】
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四川大学计算机学院,四川大学华西公共卫生学院,四川大学生命科学学院
【基金项目】
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国家自然科学基金(61572332,81473446);中国博士后科学基金(2016T90850);中央高校基本科研业务费(2016SCU04A22)~~
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人类基因组计划的成果推动了生物信息学研究的发展.基于疾病表型相似性策略寻找功能上存在联系的致病基因,即表型相似基因,具有重要的研究价值和广阔的应用前景,是新兴的研究热点.然而,生物医学领域尚没有利用计算机方法开展基于基因-疾病-表型关系网络的表型相似基因搜索研究.对此,利用疾病公开数据库构建了包含基因、疾病、表型这3类异构类型节点的疾病信息网络,并设计了基于疾病信息网络的相似基因搜索算法gSim-Miner.针对疾病表型数据的特点,设计了剪枝策略提高算法效率.通过在真实数据上的实验,验证了疾病信息网络对搜索表型相似基因的适用性以及gSim-Miner算法的有效性、执行效率和可扩展性.
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