【摘 要】
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采用高通量测序(High-throughput sequencing,HTS)技术检测新疆蟠桃感染病毒的情况.采集具有穿孔、脉间褪绿等症状的蟠桃嫩叶,提取总RNA,用于高通量测序,共获得13.36 Gb的数
【机 构】
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石河子大学生命科学学院,新疆石河子832003;石河子大学农学院,新疆石河子832003
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采用高通量测序(High-throughput sequencing,HTS)技术检测新疆蟠桃感染病毒的情况.采集具有穿孔、脉间褪绿等症状的蟠桃嫩叶,提取总RNA,用于高通量测序,共获得13.36 Gb的数据,包含44 563 187对reads,其中比对到油桃茎痘相关病毒(nectarine stem pitting-associated virus,NSPaV,KT273409)和亚洲李属病毒(asian prnnus virus,APV2,KT893294)基因组的分别有9 943对和40 036对,经拼接各得到长4 978和9 393 nt的contig,基因组覆盖率均接近100％(5'端分别差10个和7个碱基),核酸一致度分别为95.0％和92.9％,将此分离物分别命名为NSPaV-Tao和APV2-Tao4.用RT-PCR方法对23个蟠桃树样品进行了检测,结果NSPaV和APV2检出率分别为43.5％和69.6％.通过比较己知NSPaV病毒的核苷酸序列,发现NSPaV-Tao可能是其他分离物重组的结果.
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