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日本已知时代最早的古近纪哺乳动物化石产自九州西部熊本县天草（Amakusa）地区始新世地层赤崎（Akasaki）组以及鹿儿岛县甑岛（Koshiki Islands）相当层位的中甑（Nakakoshiki）组。初步研究显示这两个组产出的哺乳动物分异度较高,包括9个目的至少18种动物。赤崎动物群有3种trogosine裂齿类、2种冠齿兽科全齿类、1种等脊貘科奇蹄类、2种dichobunoid偶蹄类、1种下齿兽科踝节类、1种西瓦兔猴科灵长类、1种未定食虫类以及2种可能的梳趾鼠类。中甑动物群包括1种冠齿兽科全齿类