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东港湖浮游植物主要有47种,隶属于7门38属。优势种春秋季为绿藻和硅藻,夏季为黄丝藻,冬季为甲藻。浮游植物数量秋季最多(232.45×104个/L)。生物量冬季最高(3.664mg/L.)叶绿素a夏季最高(5.35ug/L)。初级生产力夏季最高(3.13gO2/m2·d)。光和效率夏季最高,种群兴起春季最盛。湖水属中营养型。浮游植物提供的滤食性鱼产潜力为2.966万kg。