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畜禽养殖污染主要有来自畜禽排泄物污染，畜禽产品中有毒有害物质的残留，以及畜禽场（户）的废弃物等。近年来，我国畜禽养殖规模不断扩大、养殖总量不断增加，而养殖废弃物的开发利用和治理工作相对滞后，造成的环境污染问题日益突出，畜禽养殖污染已成为农村面源污染的主要来源。畜禽养殖污染已引起从中央到地方的各级政府的高度重视，以畜禽养殖为重点控制农业污染、削减农业污染物排放总量已经列入国家“十二五”污染物总量控制约柬性指标。