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梵净山重楼(Paris polyphylla Smith vat.chinensis)是中国重要的中草药之一.本研究利用MISA软件从重楼块根高通量转录组数据库的38 802条Unigenes中共搜索挖掘出6 333个SSR标记.66.76％的二核苷酸重复是这些SSR标记的主要重复类型,然后是18.77％的三核苷酸重复、11.50％的单核酸苷酸重复及2.97％的四核苷酸、五核苷酸和六核苷酸重复.在所有被功能注释的Unigenes中,481条Unigenes涉及调控重楼皂苷、黄酮、种子萌发和种子生长发育,从这些Unigenes共搜索挖掘到90个SSR标记.通过对这90个SSR标记的有效性验证,获得具有清晰扩增条带的SSR标记20对.以选取的14份重楼种质为材料,对扩增出清晰条带的20对SSR标记进行多态性检测后,获得16对具有多态性的SSR标记引物.引物多态性信息含量指数(polymorphism information content,PIC)介于0.067～0.561,平均值为0.293;14个重楼种质聚类在两个不同类群.本研究结果可为梵净山重楼种质资源鉴定、遗传多样性分析和分子标记辅助选择育种提供SSR标记.