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小球藻光合作用非常强,且含有丰富的营养物质,繁殖能力强,在增殖中释放出大量的氧气。在水产养殖中,小球藻既可以作为初级生产者,为养殖水体提供氧气,又是饵料资源非常重要的组成部分,是各种鱼类天然的开口饵料和滤食性鱼类的直接饵料。小球藻可以有效地利用氨氮、亚硝酸盐等有机物,从而改善水体生态环境,还可以抑制蓝藻、裸藻、甲藻等有害藻类。