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用户在应用HDF5输入输出数据时，数据在不同设备间的传输要经历一系列处理阶段。这些阶段包括选择文件驱动方式的虚拟文件层阶段、过滤器阶段、超切片技术实现的数据聚集及分散阶段和进行数据类型转换的转换阶段。数据像流水一样经过每个处理阶段，HDF5将这种数据处理过程称为管道，其中除过滤器阶段外，其他3个阶段为标准管道阶段。过滤器阶段是用户可选择使用的特殊管道阶段，提供字节流洗牌、压缩、检错3种过滤器，还支持用户增加新的过滤器模块，应用程序可以任意顺序灵活使用任意数量的过滤器。