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动物胃肠道中普遍存在大量共生微生物群，对于它们的研究一直受制于纯培养技术。随着分子生物学的快速发展及其在微生物学及生态学上的应用，针对未培养微生物研究的一门新型学科——宏基因组技术应运而生并迅速发展。通过提取胃肠道粘膜表面以及内容物中微生物DNA，构建总DNA文库的方法，利用基因组学的研究策略，来研究胃肠道中微生物遗传组成及群落功能。宏基因组技术在胃肠道微生物研究中广泛的应用，对于医学、生态学、生物能源利用等领域的研究具有重大的价值。