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水稻对稻瘟病的抗性与温度和湿度等环境因素有关。寄主内含物对抗性产生一定的影响,稻株中硅的含量多抗性较强;感病品种一般含有较多的可溶性氮或氨基酸;抗性品种受病菌侵染后呈现迅速的褐色反应,这与酚的含量有密切关系。这种迅速的褐色反应是稻瘟病菌侵入后寄主产生的一种过敏性反应,在微细结构上表现为表皮细胞或薄壁细胞膜破碎而颗粒化以及叶绿体崩散。这些颗粒化物质可能是寄生为了阻碍入侵病菌进一步生长或使其死亡而产生的植物保护素。实际上,抗性或致病性是水稻品种与病菌生理小种间基因对基因相互作用的结果。