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重庆医科大学药学院下设药物化学、药物分析、药剂学、药理学、临床药学、药事管理学6个教研室和药学实验管理中心。学院现有药学一级学科博士后科研流动站1个药理学博士学位授权点1个;药物化学、药物分析、药剂学、生药学、药理学、微生物与生化制药硕士学位授权点6个;药学硕士专业学位授权店1个;药理学、药物化学为重庆市重点学科;现有药学、临床药学、药物制剂及药学(药物分析方向)4个专业及方向。