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由于丘脑底核高频电刺激在治疗震颤等运动障碍上显著的疗效及对基底节在癫痫发作控制上认识的深入，人们将其用于难治性癫痫的治疗。动物实验中无论是全面性发作还是部分性的发作，高频电刺激都取得了显著的疗效，临床方面多数研究存在病例数少且随访期短的缺点，故远期疗效还需进一步的研究。丘脑底核高频电刺激的效应可能源于丘脑底核的抑制，也可能是因为投射纤维以及核周纤维的兴奋，目前还有争议。