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采用棕色棉新彩棉5号为Tester，其白色近等基因系NIL-C5为Driver，通过抑制差减杂交法（suppressive subtractive hybridization，SSH）构建了一个棕色棉纤维色素差异表达基因差减文库。从文库中随机挑选400个克隆，将这些克隆的PCR产物点膜进行反向Northern杂交检测，挑选20个差异明显的克隆进行序列分析，结果表明：有5个cDNA片段与已知的功能基因序列相似，其中1个cDNA片段与合成色素的重要酶基因4-香豆酸：CoA连接酶（4CL）基因有较高的同源性，其