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针对E1线路延迟稳定的优点，给出了溯源到GPS系统时间的时间保持模块，提出时间信息组合以适应E1线路不成帧的传输方式，采用HDB3码作为E1线路传输码型，利用FPGA芯片EP2C8T14418进行开发，设计了基于E1接口的时间同步系统关键模块，并对各关键模块进行仿真，结果表明各模块设计均满足时间同步系统的要求。