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区域高等教育战略预警系统为高校和中央两级预警系统提供重要参考依据，是整个高等教育战略预警系统的核心部分。该系统必须以可持续发展理论为指导，应用一定的方法、对区域内反映高等教育的各项指标进行研究和分析，对区域内高等教育的发展态势进行评估。应从区域高等教育外部环境和区域高等自身发展状况两个方面共同对区域内高等教育的发展状况及趋势进行预警。