【摘 要】
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以密斑刺鲀(Diodon hystrix)为研究对象,利用RNA-seq技术进行转录组测序及序列组装,最终获得221762条Unigene序列,N50为2240 nt,GC含量为46.20%。利用MISA软件从该转录组数据
【机 构】
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海南热带海洋学院,海南省热带海洋渔业资源保护与利用重点实验室/热带海洋生物资源利用与保护教育部重点实验室
【基金项目】
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海南省重点研发计划项目(ZDYF2018225),海南省重大科技计划项目(ZDKJ2016009),海南热带海洋学院2016年学科带头人和博士研究生科研启动项目(RHDXB201612)
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以密斑刺鲀(Diodon hystrix)为研究对象,利用RNA-seq技术进行转录组测序及序列组装,最终获得221762条Unigene序列,N50为2240 nt,GC含量为46.20%。利用MISA软件从该转录组数据中搜索到106221个符合条件的SSR位点,分布于62451条Unigene中,发生频率为28.16%。优势重复单元为单核苷酸、二核苷酸和三核苷酸,发生频率分别为48.99%、32.57%和14.72%,其中单核苷酸重复单元中以A/T为主,占总SSR位点数的46.21%,二和三核苷酸重复
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