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神经干细胞中枢神经系统移植作为一种细胞替代治疗方法已吸引着众多学者的关注，但神经干细胞移植的临床应用还必须面临免疫排斥等问题。中枢神经系统具有其独特的移植免疫学中的特点。大脑曾被认为是免疫豁免区域之一，然而后来的研究已经证实，中枢神经系统并不是完全意义上的免疫豁免器官。中枢神经系统内免疫反应的屏障系统，中枢神经系统抗原提呈细胞的特点以及神经干细胞自身的免疫学特性决定了大脑的相对免疫豁免地位，实际是机体调节免疫豁免和免疫反应所达到的一个平衡。