【摘 要】
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目的 利用生物信息学软件从淋病奈瑟菌全基因组数据中筛选外膜蛋白候选抗原,并对候选抗原进行T细胞和B细胞表位分析,为淋病奈瑟菌疫苗和分子诊断制剂的研制奠定基础.方法 对淋病奈瑟菌标准菌株FA1090基因组数据库中推定的2002个编码蛋白,用SingnalP和PrediSi软件预测信号肽.在具有信号肽的蛋白序列中以TM-HMM和Phobius软件为主预测跨膜螺旋结构并构建ORF-TMH外膜蛋白库;利用PSORTb和Cell-Ploc软件进行蛋白表达的亚细胞定位分析,得到ORF-SCL外膜蛋白库.综合“双库”的
【机 构】
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大理大学基础医学院病原生物学综合实验室,云南大理671000;大理大学基础医学院病原生物学综合实验室,云南大理671000;佳木斯大学附属第一医院;大理大学基础医学院病原生物学综合实验室,云南大理67
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目的 利用生物信息学软件从淋病奈瑟菌全基因组数据中筛选外膜蛋白候选抗原,并对候选抗原进行T细胞和B细胞表位分析,为淋病奈瑟菌疫苗和分子诊断制剂的研制奠定基础.方法 对淋病奈瑟菌标准菌株FA1090基因组数据库中推定的2002个编码蛋白,用SingnalP和PrediSi软件预测信号肽.在具有信号肽的蛋白序列中以TM-HMM和Phobius软件为主预测跨膜螺旋结构并构建ORF-TMH外膜蛋白库;利用PSORTb和Cell-Ploc软件进行蛋白表达的亚细胞定位分析,得到ORF-SCL外膜蛋白库.综合“双库”的结果,筛选最有可能表达在淋病奈瑟菌外膜的候选外膜蛋白抗原库.利用BLASTp筛除同源性较低的外膜蛋白;运用ABCpred和BepiPred分析B细胞表位;运用NetCTLpan和SYFPEITHI分析CTL表位;运用SYFPEITHI和NetMHCIIpan分析Th表位.结果 预测有信号肽的蛋白序列共350个,“双库”筛选出30个最有可能表达在淋病奈瑟菌外膜的蛋白.通过同源性分析、T细胞表位和B细胞表位分析,得到26个蛋白序列为最有潜力的候选疫苗抗原.结论 从淋病奈瑟菌标准菌株FA1090全基因组数据中反向筛选出26个最有可能成为外膜蛋白的候选抗原,为淋病奈瑟菌疫苗的研究奠定了基础.
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