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蛋白质是生命功能的执行者，但大多数蛋白质并不能单独行使其功能，而是通过与其他蛋白质相互作用来参与细胞或组织的生理活动。蛋白质组学研究的轰轰烈烈兴起开启了人们解析各种生命活动以及生理功能的新思路，近些年已经由比较蛋白质组学研究逐渐过渡到功能蛋白质组学研究。构建蛋白质相互作用网络能展示出两种以上蛋白质之间的相互依赖性以及这些蛋白质相互作用所起到的重要生理功能。